도쿄 인근 지바현 바다에서 등에 총상을 입은 남성의 시신이 떠오른다. 그의 신원이 확인되는 동시에 남성을 실종 신고한 동거 여성이 자취를 감춘다. 사건을 맡은 형사 구사나기와 우쓰미는 수사 과정에서 뜻밖에 유카와의 이름을 발견한다. 구사나기는 오랜 친구를 찾아가 도움을 요청하나 유카와는 그의 청을 단번에 거절한다. 그런데 구사나기를 배웅하던 유카와가 돌연 다른 방식으로 수사에 협조하겠다고 말한다. 이후 유카와와 사건 관련 장소를 방문한 우쓰미는 이 물리학자가 무언가를 숨기고 있음을 직감한다. 그러나 수사는 좀처럼 진전되지 않고 경찰은 번번이 실마리를 놓치고 만다. 이에 유카와는 마침내 오랫동안 간직해 온 비밀을 스스로 밝히게 되는데……. 유카와는 긴 세월 어떤 진실을 혼자 끌어안고 살아온 걸까? 그것이 이 사건과 무슨 연관성이 있는 걸까? 그가 스스로 사건에 관여한 이유는 무엇일까? 『투명한 나선』에 대해 작가는 “한마디로 설명할 수 없는 작품입니다. 오랫동안 작가만이 간직했던 이야기를 비로소 풀어냈습니다. 갈릴레오 팬이라면 분명 놀랄 것이고, 히가시노 팬이라면 더욱 놀랄 것입니다”라고 말했다. 전혀 다른 두 개의 사건이 우연한 계기로 겹쳐짐으로써 드러나는 진실. 이것을 과학으로만 설명할 수 있을까?